การแยกเพศปลาชนิดนี้โดยการสังเกตจากรูปลักษณ์ภายนอกต้องใช้การสังเกตและใกล้ชิดอย่างสูง เนื่องจากปลาเพศผู้และเพศเมียมีลักษณะคล้ายคลึงกันมาก ตลอดจนการผ่าศึกษาอวัยวะภายในเพื่อเปรียบเทียบกับลักษณะภายนอกนั้นยากที่จะกระทำ เนื่องจากปลาตะพัดเป็นปลาที่มีราคาแพงและมีจำนวนไม่มาก อย่างไรก็ตาม คณะทำงานได้พยายามใช้ตัวอย่างปลาตะพัดที่ตายมาในอดีตและเก็บดองอยู่ในน้ำยาฟอร์มาลีน มาศึกษาลักษณะภายนอกและผ่าดูอวัยวะภายใน หลังจากนั้นจึงนำข้อมูลที่ได้กลับไปเปรียบเทียบกับปลาตะพัดที่ยังมีชีวิตอยู่ ทำให้สามารถแยกเพศปลาชนิดนี้ได้โดยสังเกตจากลักษณะต่างๆ ดังนี้